Selain melaksanakan tugas dan fungsi yang diatur melalui Permendikbudristek Nomor 35 Tahun 2021, LLDIKTI Wilayah XVI juga diberikan tugas untuk mencapai tujuh indikator kinerja utama (IKU) sebagaimana diatur dalam Kepmendikbudristek Nomor 210/M/2023 sebagai berikut:
Sasaran I: Meningkatnya kualitas layanan Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI)
IKU 1: Kepuasan pengguna terhadap layanan utama LLDIKTI.
IKU 2: Persentase PTS yang terakreditasi atau meningkatkan mutu dengan cara penggabungan dengan PTS lain.
Sasaran II: Meningkatnya efektivitas sosialisasi kebijakan pendidikan tinggi
IKU 3: Persentase PTS yang menyelenggarakan kegiatan pembelajaran di luar program studi.
IKU 4: Persentase mahasiswa S1 atau D4/D3/D2/Dl PTS yang menjalankan kegiatan pembelajaran di luar program studi; atau meraih prestasi.
IKU 5: Persentase PTS yang mengimplementasi kebijakan antiintoleransi, antikekerasan seksual, antiperundungan, antinarkoba, dan antikorupsi.
Sasaran III: Meningkatnya inovasi perguruan tinggi dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan
IKU 6: Persentase PTS yang berhasil meningkatkan kinerja dengan meningkatkan jumlah dosen yang berkegiatan di luar kampus.
IKU 7: Persentase PTS yang berhasil meningkatkan kinerja dengan meningkatkan jumlah program studi yang bekerja sama dengan mitra.