Berdasarkan Kepmendikbudristek Nomor 262/O/2032 tentang Penyesuaian Sistem Kerja di Kemendikbudristek, Kepala LLDIKTI Wilayah XVI sebagai Pimpinan Unit Kerja selain dibantu oleh Kepala Bagian Umum, juga dibantu oleh beberapa Tim Kerja, yaitu:
- Tim Kerja Akademik dan Sistem Informasi
- Tim Kerja Penguatan Kelembagaan PT
- Tim Kerja Penguatan Sumber Daya PT
- Tim Kerja Penguatan Riset dan Pengabdian kepada Masyarakat
- Tim Kerja Kemahasiswaan